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鲸类的祖先,极可能是产于北美、欧洲与亚洲的陆栖有蹄类动物——中爪兽科(中兽科,Mesonychidae) 。中爪兽的成员有的娇小如家犬,也有的高大如熊,但是许多动物的演化过程都是由小而大,因而鲸类有可能是由小型的中爪兽演化而来。根据推测,这些齿数不多,在浅水区捕鱼的中爪兽,经由逐渐转变为水陆两栖的生活形式后,再于漫长的演化过程中变成今天的各种鲸与豚。

最早出现的鲸类为古鲸亚目(Archaeocetes)原鲸科(Protocetidae)。

原鲸科动物均出现在5000万年前,化石分布在亚洲、非洲及北美。科学家对于在现今巴基斯坦被发现的巴基斯坦古鲸(又名巴基鲸,Pakicetus)的了解较多,这个生活在5000-5300万年前的生物化石,是个喷气孔(鼻孔)已移向后方,具有狭长脑室,且仍具有后肢的动物。在同时期的印度岩层中发现的化石证据也显示,在早期的鲸类间,已经有着难以想象的高度生态歧异性。

较先进的古鲸亚目动物,是曾经被认定为爬行动物的械齿鲸科(Basilosauridae)。这个科的动物大约存活在3800-4500万年前,虽然最早在Louisiana被美国地质学家发现,但类似的化石也广泛的在新西兰甚至南极被发现。这发现显示古鲸亚目在4000万年前便已扩散到南方水域。

较先进的古鲸亚目中另一分支,是至少包含有6种动物的硬齿鲸亚科(Dorudontinae),他们有较窄小的上颚,可能为滤食性;或是像现生大多齿鲸般,能藉此构造迅速夹住鱼、乌贼及鸟。

经历漫长的演化过程后,古鲸亚目在渐新世(Oligocene)走入灭绝一途。但鲸类家族中的另外两个分支,即须鲸亚目(Mysticeti)与齿鲸亚目(Odontoceti),却衍生出13科近80个物种。

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